为更好地为我国医疗机器人等医疗器械产业提供技术服务，微系统医疗器械国家地方联合工程研究中心依托重庆金山医疗技术研究院有限公司进行管理，中心以有限责任公司的组织形式独立运行，实行总经理负责制，总经理直接对金山科技集团投资管理中心汇报工作。工程研究中心在金山医疗技术研究院现有的组织架构上，不断完善其组织架构，以便更高效地为行业提供服务。

工程研究中心设立学术委员会、专家咨询委员会及综合办公室3个职能机构；

学术委员会，该学术委员会由行业内的知名专家、学者兼职组成，其主要职责是技术评审和技术指导，并制定平台的战略发展方向；同时学术委员会设有战略发展委员会秘书处和技术评审委员会秘书处。

专家咨询委员会由聘任的专家团队组成，担任高级顾问，同时设有政策事务处、综合协调事务处和风险管理监控处；

综合办公室下设资金管理中心、项目合作部、运营中心。资金管理中心负责金融投资和项目资金的管理；项目合作部按照区域进行划分，分别设置有7个分中心；运营中心下设有人事管理部、法务部、公益事业部、平台管理服务部等6个部门。

工程研究中心的组织架构如下图所示：